科学家构建空间转录组测序新方法

中科院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾课题组新近创建了1种技术方法，可以取得具有空间位置信息的少许细胞转录组图谱。相干研究成果日前在线发表于《自然—实验室指南》。

不管是体内组织还是体外细胞系，不同细胞之间都存在着差异性，即细胞的异质性。细胞的异质性对解释肿瘤的产生、干细胞或前体细胞的多能性与谱系分化、干细胞与微环境的相互作用等具有重要意义。

近年，单细胞测序技术迅速发展，使得研究细胞之间的异质性成为可能。但是，目前单细胞测序的方法均会丢失细胞在体内原本的位置信息，而对某些研究领域如发育生物学、肿瘤生物学而言，细胞来源的位置信息是10分关键的。

在景乃禾和彭广敦的指点下，陈军通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术，构建了1种能够取得少许细胞转录组信息，同时保存细胞原有位置信息的测序方法：Geo-seq。

Geo-seq 是1种高效、高分辨率的空间转录组分析方案，既可用于转录图谱的3维重建，也可用于研究具有特殊结构的少许组织或细胞的转录组信息。利用 Geo-seq 技术，该课题组绘制了小鼠初期胚胎原肠运动中期精细的3维份子图谱，并揭露了小鼠细胞谱系蓝图建立进程中的空间转录组特点、转录因子和信号通路调控网络。

据悉，Geo-seq 技术已成功利用于小鼠大脑发育、肝脏肿瘤学和人的精子发育等研究中。