掌上测序仪全面助力临床检验

纳米孔测序也被称为第3代测序，去年11月OxfordNanopore公司启动了掌上测序仪MinION的早期试用计划。这个备受关注的测序仪只有USB大小，可以实现即插即用。

文献来源：MinIONnanoporesequencingidentifiesthepositionandstructureofabacterialantibioticresistanceisland.

EastAnglia大学和PublicHealthEngland的研究团队102月9日在《自然-生物技术》（NatureBiotechnology）杂志上发表了使用MinION取得的研究成果，他们用MinION鉴定了1种多重耐药菌的抗性基因。这项研究表明，这1技术能够很好的用于沾染病诊断。

“长读取”测序对肯定抗性基因的位置是非常重要的，纳米孔测序就是1种长读取的基因组测序技术。此前的长读取测序需要在昂贵的仪器上进行，而且操作起来比较复杂，常常只能在专业性的实验室里使用。而MinION非常小巧轻便，售价更低至650英镑左右。

最近在全球范围分散的伤寒沙门氏菌（SalmonellaTyphi）单体型H58是1种具有多重耐药性的突变株。研究人员通过鉴定其耐药基因，证明了MinION在临床上的实用性。

耐药性基因在染色体上的确切位点被称为抗生素抗性岛。研究显示，MinION只用18小时就能够得出鉴定结果，而且精确性与现有技术差不多。

领导这项研究的DrJustinO'Grady说：“新兴的抗生素抗性正在快速分散，而这类技术将为耐药性检测带来1场革新。”

“在此之前，用传统方法做这类分析要花几个月的时间，掌上测序仪全面助力临床检验，由于测序后要进行大量的分析工作。人们终究拿到结果的时候，极可能已没法为临床诊疗提供指引了。”

研究人员指出，低本钱速度快的纳米孔测序与短读取测序结合，能够为人们提供组装完全的细菌基因组，相信公共卫生机构和临床实验室很快就可以从中获益。另外，纳米孔测序系统经过进1步改进以后，将不再需要短读取数据。

这项研究首次为人们展现了，掌上测序仪全面助力临床检验，MinION解决重要生物学问题的巨大潜力，这1技术可以广泛用于临床上的细菌鉴定、感染病诊断和耐药性检测。