加速疾病和癌症治疗靶点检测的软件

最近，洛斯阿拉莫斯国家实验室（LosAlamosNationalLaboratory）发布了强大的、屡获殊荣的生物信息学软件Sequedex的更新版本，现在该软件能够辨认来自病毒和生命树所有部分的DNA，从而可解决各种各样的问题，例如鉴定病原体引发的疾病、为癌症医治选择治疗靶点、在卫生保健专业人员、研究人员等相对容易到达的范围内优化藻场产量。

LosAlamos国家实验室理论生物学和生物物理学小组科学家BenMcmahon称：“作为我们测试的1部分，我们使用Sequedex辨认非洲1位合作者临床血样中的病毒序列。经过1个下午，该软件已发现了1种致命的狂犬病毒，如果使用传统方法这将需要几周的时间。现在，Sequedex软件可以在每百万水平上辨认测序样本中病毒和真菌的序列。”

Sequedex的新版本V1，可辨认短DNA序列中的模式，然后将这些序列与系统产生——样本在生命进化树上的定位——和片断功能联系起来。从进化的角度而言，加速疾病和癌症治疗靶点检测的软件，“生命之树”代表现代物种与其共同先人之间的遗传差异。基于DNA模式的辨认，该软件可创建结果的数据库。

Sequedex分类片断的速度比传统方法快250,000倍。利用Sequedex，1台笔记本电脑可以比现有产生DNA序列的的DNA测序仪更快地分析DNA序列，加速疾病和癌症治疗靶点检测的软件。LosAlamos研究人员设计了1种软件来进行生物信息学分析，而无需生物信息学者来进行计算和解释结果。

Sequedex可以Web阅读器搜索的相同方式，在DNA序列集合中分析系统产生和功能。例如，在Google中，输入搜索关键词plumber、Smith和Chicago，你可能搜索到芝加哥1名叫Smith的水电工；一样，Sequedex使用之前已分类基因组产生的检索词名单，将系统产生和功能与DNA序列联系起来。Sequedex所产生的检索词被进化而选择，在这类意义上，它们必须存在于多个基因组中。每个检索词也与生命之树的1个分支、和1组或多个生物功能有关。

例如，在每一个氨基酸每个字母的1个代码中，蛋白质模式“CVELAHEIRS”存在于人类和小鼠中，所以Sequedex将其与系统分类的脊索动物联系起来，人类和小鼠都属于此类。在人类中，CVELAHEIRS存在于被归类为“RegulatorofG-proteinSignaling"(orRGSforshort)”的蛋白质中，所以Sequedex也与具有RGS功能的检索词有关。当Sequedex在1段DNA序列（通过遗传密码翻译成蛋白质序列）中发现CVEHLAHEIRS时，它能够辨认可能来自于脊索动物RGS的序列。

在1段DNA中随机偶然发现CVELAHEIRS的可能性很小，所以，即便当搜索词来自于Sequedex其实不了解的1个生物体（例如耗牛、杀人鲸和裸鼹鼠，目前都不在Sequedex数据库里，但是它们基因组中都有CVELAHEIRS）时，该软件依然有很大的可能性做出正确的谱系和功能鉴定。

Sequedex有望用于辨认临床样本中的感染病；表征人体内被其他生物共享的空间，和这些所谓的微生物组如何与疾病或健康相干；为了化疗选择或预后，分析肿瘤遗传学。SequedexV1的其他特点包括，自我更新能力和绘制结果图。但是，该软件现在仅仅是作为1种研究工具，它不能用于诊断疾病或其他情况。