RNA-seq寻找生物标志物将更简单

最近，瑞典卡罗林斯卡学院和爱沙尼亚医疗技术能力中心的科学家合作，开发出了1种新的基因表达分析方法，让通过全血RNA-seq进行生物标志物的发现和分析，将会变得更加简单。他们的研究结果发表在8月12日的《ScientificReports》杂志。

文献来源：GlobinmRNAreductionforwhole-bloodtranscriptomesequencing.

血液携带的细胞，可提供多种有用的生物标志物。血液作为1种液体活检，在临床研究中有着广泛的利用，由于其取样的简便性和快速动态性：大多数的细胞是携带氧的红细胞，在所有血液RNA当中致使球蛋白RNA份子50%–80%的富集。

技术上的偏差

球蛋白如此高的普遍性，因此，血液相干基因表达生物标志物的研究，就变得复杂化，从而造成了技术偏差，并留下了没法探测到的生物相干分子。根据研究人员介绍，这项研究首次介绍了1种详细方法——GlobinLockTM——能够克服红细胞引发的血样分析的局限性，红细胞使得从血液中辨认或跟踪下游的任何生物标志物，都变得复杂化。已公布的和正在申请专利的实验，最大限度地减少了对试剂和样品材料的需求，从而使得它成为1种有效和强大的工具。

本文第1作者、KaarelKrjutškov博士说：“GlobinLock的球蛋白降落率，对任何利用程序来讲是足够的。它将球蛋白的普遍率从之前的63%减少到了5%，这使得它成为生物科技公司的1种有效工具，被添加到试剂盒中。”

DNA链

这类新的方法包括1对短的合成DNA链，通太高度特异性结合，RNA-seq寻找生物标志物将更简单，可沉默大多数的球蛋白RNA分子。根据研究人员解释，这两条链被引入到纯化的RNA样品中，并且，在RNA变性后是立即有效的，全部互补的DNA合成进程，只有10分钟的潜伏期。

锁定的DNA份子特异性地结合在球蛋白的RNApoly-A位点，这还需要进1步分析。因此，RNA-seq寻找生物标志物将更简单，在下游操作之前，球蛋白RNA是被“锁定的”，在血液RNA生物标志物的利用中其实不会引发技术的偏差。

JuhaKere教授说：“我们发现，球蛋白锁定是完全有效的，不但适用于人类的样本，也广泛适用于动物模型，如小鼠、大鼠、牛、狗乃至斑马鱼。”

利用测序技术寻觅生物标志物，已有了1系列的研究进展，例如，2014年10月，苏州大学第1附属医院谭友文副教授带领的团队对血清microRNA（miRNA）的表达谱进行研究，肯定其是不是可作为HCC的1种新的诊断标志物，研究成果发表在PLoSONE上。相干浏览：苏大1附院：测序鉴定肝癌的新型生物标志物。

2015年，日本理化学研究所（RIKEN）生命科学技术中心（CLST）和澳大利亚HarryPerkins医学研究所的研究人员通过RNA测序，发现了很多个基因，它们在许多不同类型的癌症中是上调的，从而为开产生物标志物检测、初期发现癌症进而及时治疗，提供了机会。相干研究结果发表于《CancerResearch》。相干浏览：科学家发现新的癌症生物标志物。

今年2月，浙江大学细胞生物学研究所李继承教授领衔的课题组采取iTRAQ标记结合2DLC-MS/MS，和Solexa测序对MDR-TB患者，药物敏感结核病（DS-TB）患者，和健康比较组血清中的蛋白质组和miRNA组进行了比较分析，鉴定出MDR-TB诊断的潜伏生物标志物，RNA-seq寻找生物标志物将更简单。相干浏览：浙江大学细胞所：多组学关联分析鉴定耐多药结核病血清标志物。