Lancet:利用Affymetrix芯片发现可预测肾移植慢性损伤的基因集

在美国，肾脏移植是最多见的实体器官移植手术之1，仅2013年就超过了16900例。近20年来，随着医学的快速发展，进行器官移植产生剧烈排挤反应愈来愈少，但是提高器官移植受者长时间存活率的重要性却还没有被意想到，Lancet:利用Affymetrix芯片发现可预测肾移植慢性损伤的基因集。肾移植慢性损伤，或间质纤维化和肾小管萎缩，是肾移植后第1年导致移植失败的主要缘由，Lancet:利用Affymetrix芯片发现可预测肾移植慢性损伤的基因集。但是，目前与间质纤维化和肾小管萎缩相干的临床和组织学事件很难预测移植失败，从而没法做到早期干预禁止纤维化进程，Lancet:利用Affymetrix芯片发现可预测肾移植慢性损伤的基因集。

文献来源：Biopsytranscriptomeexpressionprofilingtoidentifykidneytransplantsatriskofchronicinjury:amulticentre,prospectivestudy.

西奈山伊坎医学院的BarbaraMurphy研究小组发现可预测移植肾在移植落后展为肾纤维化致使移植失败的基因组。研究结果于7月21日在线发表在《柳叶刀》。该研究旨在肯定能够预测肾移植后因肾间质纤维化而产生渐进损伤风险的基因组集。

研究方法：

该慢性移植排挤反应基因组学（GoCAR）研究为1项触及多个研究中心的前瞻性研究。研究人员预先搜集了204个患者接受肾移植后肾功能保持稳定3个月的活检标本，采取Affymetrix公司全转录组表达谱芯片humanexon1.0STarray（即新1代HumanClariomDArray前体）对前159个样本中基因的表达情况进行研究（DiscoverySet），通过1系列生物信息学分析（GSEA、GO和Pathway分析等）挑选出了与移植后第12个月时慢性移植损伤指数（CADI⑴2）增加密切相干的数个基因，使用惩罚回归模型联合基于排列组合的方法对这些差异表达的基因做进1步过滤，推导出了1个能够用移植后3个月的活检标本预测12个月时移植肾纤维化的最优基因组合，Lancet:利用Affymetrix芯片发现可预测肾移植慢性损伤的基因集。

Figure1：实验设计及样本选择流程图

Figure2：利用Affymetrix芯片数据进行生物信息学分析流程图

流程图包括两部份：

(1)上边框代表采取关联分析、GSEA分析和免疫细胞类型分析进行显著性差异表达基因的鉴定及相应的与CADI⑶和CADI⑴2指数(CADI≥2)关联的GO功能分析；

(2)下边框表示用于预测CADI⑴2指数高低、发展程度尽早期肾移植失败的最小基因集的鉴定。

研究结果：

研究人员肯定了13个可独立预测移植1年时肾纤维化产生的基因。该基因集具有较高的预测能力，优于基线临床变量及临床和病理变量。另外常规病理变量没法肯定哪一种组织学上正常的移植物会进展为纤维化，而此预测基因集可准确辨别产生纤维化的高风险和低风险的移植。另外，这13个基因也可准确预测早期移植失败。研究人员在GoCAR研究中的1个独立队列（n=45）及两个独立公然的数据集中（n=282和n=24）验证了该基因的预测值。

总而言之，该研究结果表明，此13个基因可在产生不可逆损伤之前肯定肾移植受体者移植失败的风险，从而可修改治疗方案避免肾纤维化的产生。

研究意义：

研究者称“该研究发现有助于深入的了解移植肾损伤的缘由，可能会改变现有的对肾移植患者的监测和管理方法。有益于在移植肾产生不可逆侵害之前，早期发现高危肾移植受者。这意味着，医生可以通过改变治疗方法来干预肾脏纤维化进程。”