新方法准确检测Lynch综合征相关突变

贝勒医学院等机构的研究人员近日开发出1种更准确的方法，检测PMS2基因中的突变。这个基因的突变与遗传性非瘜肉结肠直肠癌（Lynch综合征）和Turcot综合征相干。研究结果在线发表于《theJournalofMolecularDiagnostics》上。

文献题名：AComprehensiveStrategyforAccurateMutationDetectionoftheHighlyHomologousPMS2

为了提高PMS2基因突变检测的准确性，研究人员展开了多重连接依赖的探针扩增（MLPA）、靶向捕获新1代测序和长距离PCR（LR-PCR）。他们在32个临床样本和14个比较样本（8个阳性对比和6个阴性比较）上使用了这类方法。

美国每一年诊断出14万例结肠直肠癌，但只有3⑸%是由Lynch综合征引发的。但是，研究人员认为，PMS2基因在Lynch综合征中的作用被低估。同时，基因组区域中的高度同源序列，和活性基因和假基因之间频繁的序列交换阻碍了这个基因的准确分析。

之前，PMS2突变是利用Sanger测序和编码外显子和侧翼内含子区域的分析而检测的，这不能提供拷贝数变异的信息。研究人员的新方法融会了LR-PCR和NGS，使其能够检测序列变异和拷贝数变异，并辨别PMS2和假基因PMS2CL的突变。LR-PCR片断包括多个外显子和内含子，对辨别高度同源区域的CNV很重要。

研究人员在文中写道：“LR-PCR/NGS和靶向捕获NGS的组合解决了等位基因丢失和同源性的问题，新方法准确检测Lynch综合征相关突变。因此，这类方法对检测怀疑带有PMS2突变的早发性癌症是特别有益的。”

研究人员对每一个样本平行运行了3种检测：MLPA、NGS和LR-PCR。MLPA是利用MRC-Holland的SALSAMLPAkitP008-C1展开的，新方法准确检测Lynch综合征相关突变，它含有特异针对PMS2外显子1⑴1、外显子11⑴5，和针对PMS2和PMS2CL外显子11⑴5中的旁系同源序列变异的探针。对靶向捕获NGS，研究人员使用了罗氏NimbleGen的SeqCap探针库，它富集所有编码外显子，和197个遗传性癌基因的50bp侧翼内含子区域。

在LR-PCR进程中，他们利用之前发表的引物来扩增PMS2基因和PMS2CL假基因的3个片断：E1-E5、E6-E10、E10-E15。PCR进程使用了TakaraLATaqDNA聚合酶的热启动版本，而PMS2基因的LR-PCR产物被片断化，并添加索引，在Illumina的HiSeq2000平台上进行高通量测序。

研究人员认为，这3种方法的结果可作为交叉验证，从而提高准确性，新方法准确检测Lynch综合征相关突变，减少周转时间。准确检测PMS2基因突变，将实现更好的结肠直肠癌预防、诊断和治疗。另外，这类方法也能利用到其他含有多拷贝的高度同源序列的基因上。