Nat Methods：利用ATAC-see技术可视化观察易接近的染色质

在有限的细胞核空间中，基因组的大部份是紧密折叠的，仅留下需要转录的部份是易接近的。美国斯坦福大学的HowardChang说，人们有“巨大的兴趣”来肯定1个给定的细胞类型中哪些基因组区域是有活性的。这正是Chang开发1种被称作ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing,利用高通量测序检测转座酶易接近的染色质）的技术的动机。在ATAC-seq技术中，DNA标记（作为转座子发挥作用）通过酶促反应被整合到基因组的开放区域，然后通过测序，它们被用来鉴定这些区域。

Chang在2013年就描写了ATAC-seq，但是他说，“我们是让细胞破碎来获得这类信息，因此我们不能了解这些易接近的基因组区域的3维结构。”

3年过去了。Chang如今开发出ATAC-see（assayoftransposase-accessiblechromatinwithvisualization，Nat Methods：利用ATAC-see技术可视化观察易接近的染色质,利用可视化检测转座酶易接近的染色质）技术。这类技术利用与ATAC-seq相同的酶学方法来整合DNA标记，不同的是，与这些DNA标记相偶联的荧光团允许他们可视化视察到3维的固定不动的细胞核。而且，1旦视察到这些细胞，通过测序就可以够鉴定动身生标记的区域。

利用ATAC-see技术，Chang团队发现不同于大多数细胞的是，在中性粒细胞内，易接近的染色质偏向于位于细胞核的边沿。这类散布仿佛增进中性粒细胞胞外圈套（neutrophilextracellulartrap,NET）构成。NET是中性粒细胞重要的杀菌利器，Nat Methods：利用ATAC-see技术可视化观察易接近的染色质。这类细胞直接把自己的DNA和组蛋白吐到胞外，构成1个网状的圈套来捕捉和杀死病原菌。但是，NET也能够促进癌症转移。

Chang团队也利用ATAC-see技术来研究在细胞周期期间，全部基因组的易接近性如何产生变化。

美国马萨诸塞大学医学院的JobDekker（未参与这项研究）说，“染色质研究领域的重大挑战之1就是将利用基因组方法获得的数据与利用成像法获得的数据整合在1起。因此，针对这类检测技术，我喜欢的1点就是它将这二者结合在1起。”

编译自：ATAC-seerevealstheaccessiblegenomebytransposase-mediatedimagingandsequencing.NatMethods2016Dec;13(12):1013⑴020.