英非科学家开发出结核病检测新方法

英国和冈比亚的研究人员已开发出1种新的方法来诊断结核病（TB），这类方法利用Illumina的MiSeq系统对痰液中的DNA进行直接测序，以检测和鉴定分枝杆菌，而不再需要耗时的实验室培养。

文献来源：Culture-independentdetectionandcharacterisationofMycobacteriumtuberculosisandM.africanuminsputumsamplesusingshotgunmetagenomicsonabenchtopsequencer.

这项研究成果于9月23日刊登在开放获得的《PeerJ》杂志上。它是由英国华威医学院的微生物基因组学教授MarkPallen和冈比亚的英国医学研究委员会TB诊断实验室的主管MartinAntonio博士指点的。

Pallen教授表示，1直以来，实验室都利用传统方法来诊断结核病，英非科学家开发出结核病检测新方法，这需要数周乃至数月。“宏基因组学利用最新的高通量测序技术和1些智能的生物信息学，让我们能够在1到两天的时间内检测和鉴定那些致使TB的细菌，同时让我们深入了解它们的基因组序列和所属的谱系，”他说。

在这项研究中，Pallen和他的团队联合非洲科学家1起开发新颖的测序和分析方法。Antonio博士表示：“结核病依然是非洲乃至全球的1个大问题。参与开发这类致命疾病的新诊断方法让人很兴奋。”

研究人员检测了8个痰液样本中TB细菌的序列，能够将7个样本的细菌分配到已知的谱系。他们还发现，2个样本含有非洲分枝杆菌（Mycobacteriumafricanum）的序列，这是结核分枝杆菌的1种，主要在西非出现。研究人员利用差异裂解方法对痰液样本进行分析，接着采取试剂盒提取DNA，并在Illumina的MiSeq平台上展开了测序。

Pallen及其同事之前也利用鸟枪法宏基因组来检测当代及过去1些材料中的病原菌。去年，他的研究小组采取宏基因组学的方法，从粪便样本中肯定大肠杆菌爆发菌株，并从215年历史的匈牙利木乃伊中发现了TB基因组。在今年早些时候，他们还从意大利撒丁岛上距今700年的骨骼中发现了羊种布鲁氏菌（Brucellamelitensis）的基因组，这类细菌导致畜生和人类出现布鲁氏菌病。

Pallen和Antonio的团队计划在广泛的样本上检测宏基因组学技术。他们希望宏基因组学能协助检测由1种以上细菌引发的混合感染。不过，他们也强调，对常规诊断，英非科学家开发出结核病检测新方法，宏基因组学还有很长1段路要走。

“我们已提供了原理论证，但我们还需要让宏基因组学更加灵敏，同时改进我们的流程。不过，我们还是可以庆祝1下，由于宏基因组学随时能记录过去和现在的感染，英非科学家开发出结核病检测新方法，阐明微生物病原体的出现、进化和分散，”Pallen说。